《金陵十三钗》不是真实的历史事件，故事是虚构的，但是历史背景是真的。

《金陵十三钗》的故事在那个年代比比皆是，不算最残酷的，《金陵十三钗》这部影视作品能真实反映当年南京大屠杀那种炼狱景象。

曝光的参加过南京大屠杀的日本兵日记里面提到，当时的南京尸横遍野，血流成河，南京的地下水都被染成红色，日本兵找不到干净的水，洗脸洗手乃至喝的水都是红色的，淘米做饭蒸出的大米饭都是红色的，在这种令人无法想象的残忍景象下，《金陵十三钗》可以说是真实故事改编的。

而《金陵十三钗》的历史原型，便发生在魏特琳教授执教的金陵女子文理学院，当时魏特琳教授作为南京安全区国际委员会的一员，在金陵女子文理学院里收容了上万名名躲避战乱的妇女儿童，按照委员会的协议，日寇不应该进入女子学院。

但是日寇并不在乎这些协议，魏特琳教授在她的日记里记载，每天都有妇女被闯入校园的日寇侮辱，她赶过去组织，那些日本禽兽也并不将她放在眼里，甚至有会有人拿着枪指着她，哪怕她向那些禽兽出示日本大使馆的文件也没有任何用。

这一段日记便是《金陵十三钗》的原型了，魏特琳教授无奈只能答应了日本军官的要求，因为她实在是保护不了学院了，她任由日本人从她手下收容的万余妇女之中找到了21个曾经从事过风尘行业的女子送了出去，想要以此保护学院里其他的女子。

此后这21个女人的命运就是魏特琳教授不知道了，不过以日寇的禽兽性格，这21个女人的下场显然不会太好，而且魏特琳教授想要保护自己学院里的万余妇女的想法也没有实现。

仅仅只是不到一个月的时间，日寇就强行取缔了安全区的存在，命令安全区里的24万中国平民回到自己家中的，当时的南京城大部分房屋已经被烧毁，很多人的家产也已经被日寇抢走。